Редактор должен проверять, им ли был создан открытый dfz-файл, и если нет, то при попытке сохранения спрашивать "Данный файл был пересобран сторонней программой. Его пересохранение приведёт к изменению контрольной суммы и потере любых данных, кроме поддерживаемых редактором. Продолжить?". При нажатии "Нет" должно открываться окно "Сохранить как".
Для файлов с расширением
*.zip, думаю, такое окно нужно показывать и без проверки. Или вообще отключать для них кнопку сохранения в тот же файл. У нас всё-таки не архиватор.
Нужно это всё в первую очередь для работы с dfz, созданными до
переписывания поддержки ZIP в прошлом году. У таких файлов случайное нажатие кнопки "Сохранить" на панели инструментов приводит к изменению контрольной суммы, что самовольно порождает лишнюю копию файла без фактических отличий. Особенно это чувствительно в том случае, если файл был открыт из папки
downloads/ - тогда он перестаёт соответствовать и своему названию, в котором прописана первая половина MD5, что приводит к повторной перезаписи файла при его следующей перекачке с сервера.